“人類腫瘤網(wǎng)絡(luò)圖譜”正在構(gòu)建
科技日報北京4月29日電 (記者張夢然)據(jù)《細胞》雜志近日發(fā)表的一篇觀點文章,美國博德研究所與多個實驗室以及“人類腫瘤網(wǎng)絡(luò)圖譜”聯(lián)盟(HTAN)合作,從時間—空間維度全面地對單細胞分辨率上腫瘤發(fā)展過程進行闡述和總結(jié),建立“人類腫瘤網(wǎng)絡(luò)圖譜”,從而為各類型腫瘤生成信息豐富的三維圖譜數(shù)據(jù)集。
癌癥中的關(guān)鍵轉(zhuǎn)變過程——包括腫瘤的發(fā)生、擴展、轉(zhuǎn)移和治療耐藥性,都涉及到動態(tài)腫瘤系統(tǒng)中細胞間的復雜相互作用。單細胞基因組技術(shù)的快速發(fā)展,為這一人類從未能充分了解的復雜相互作用,提供了前所未有的研究機會。
在此原理上,“人類腫瘤網(wǎng)絡(luò)圖譜”計劃出現(xiàn)。這是美國國家癌癥研究所(NCI)癌癥“登月計劃”的一部分,該項目力圖建立一個臨床、實驗、計算和組織框架,集成一份巨大的三維圖譜數(shù)據(jù)集,不但可以使人類對癌癥的理解更為深遠,還有可能提高癌癥的篩查發(fā)現(xiàn)、預防和治療能力,為癌癥患者和身擔癌癥風險的人提供更精確有效的治療。
此次,包括美國博德研究所“人類細胞圖譜研究先鋒”阿維芙·蕾格夫,以及多家實驗機構(gòu)、聯(lián)盟的科學家們,闡述了動態(tài)的、多參數(shù)的三維腫瘤圖譜,公開了其概念、應用、理論研究以及實驗策略,同時還將對“人類腫瘤圖譜網(wǎng)絡(luò)”的組織結(jié)構(gòu)、相關(guān)補充計劃和合作單位以及合作機會進行介紹,面向公眾全面展開“人類腫瘤圖譜網(wǎng)絡(luò)”的構(gòu)建。
這一圖譜的建立工作,涵蓋了腫瘤樣本收集、細胞空間分析工具開發(fā)、數(shù)據(jù)分析、圖譜可視化和查詢等各個方面。為確保廣泛性,需要從不同種族的人群中獲得高質(zhì)量的樣本;而多數(shù)據(jù)集成、深度學習等技術(shù),將會持續(xù)應用到對于圖譜網(wǎng)絡(luò)的建立之中。
研究人員表示,第一代“人類腫瘤圖譜網(wǎng)絡(luò)”可能包括交互式2D和可視化3D,并將關(guān)鍵的分子和細胞特征與臨床數(shù)據(jù)元素和患者預后聯(lián)系起來;而二代腫瘤圖譜會從多參數(shù)數(shù)據(jù)集中獲得更多信息,以更全面描述特定腫瘤的遺傳、分子、超微結(jié)構(gòu)、細胞和組織學特征等多維度信息,對使用者來說,其可以像“谷歌地圖”一樣易于查找和使用。
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