我科學家率先繪就家蠶超級泛基因組圖譜
光明日報重慶10月10日電(記者李宏、張國圣)西南大學近日發(fā)布最新研究成果:家蠶基因組生物學國家重點實驗室主任、國家蠶桑產(chǎn)業(yè)技術體系首席科學家代方銀教授團隊完成家蠶大規(guī)模種質(zhì)資源基因組解析(“千蠶基因組”),在全球首次繪就家蠶超級泛基因組圖譜,并率先實現(xiàn)了家蠶這個物種遺傳信息的數(shù)字化——“數(shù)字家蠶”。
家蠶是重要的經(jīng)濟昆蟲和新興模式生物,之前僅有單一參考基因組及部分重測序,不足以支撐基因組變異和優(yōu)良基因的深度挖掘,尤其對于分子育種具有顯著局限。而超級泛基因組是一個物種所有基因組信息的總和,對于深化功能基因組研究、種質(zhì)創(chuàng)新等意義重大。
“家蠶超級泛基因組圖譜是涵蓋了蠶的所有遺傳信息的一張圖,通過這張圖我們可以直接對接表型和基因組密碼?!贝姐y打比方說,以前鑒定特定性狀的基因或其因果變異猶如“大海撈針”,現(xiàn)在可謂是“甕中捉鱉”,因為超級泛基因組為此提供了“精細網(wǎng)格化”的“坐標”指導,對于行家里手來說像是“查字典”。
據(jù)西南大學家蠶基因組生物學國家重點實驗室教授、博士生導師童曉玲介紹,研究團隊對1078份蠶種質(zhì)資源進行了測序,其中包括47個野桑蠶、205個家蠶地方種、194個實用種和632個突變體,繪制出了一個高精度家蠶泛基因組圖譜。該超級泛基因組囊括了目前最全面的家蠶和野桑蠶基因組信息,是迄今全球動植物領域最大的長讀長泛基因組。同時,團隊還對蠶的各種遺傳變異、群體結(jié)構(gòu)、人工選擇和生態(tài)適應性及經(jīng)濟性狀開展了深入的研究,取得了豐碩的創(chuàng)新結(jié)果。
家蠶起源于我國,由中國古野桑蠶馴化而來,具有5000多年的馴養(yǎng)歷史,但其馴化起源地是長期懸而未決的問題,特別是缺乏有力的生物學證據(jù)。本研究的材料呈現(xiàn)了來自全球各主要養(yǎng)蠶地區(qū)的最豐富的遺傳多樣性,研究發(fā)現(xiàn)黃河中下游地區(qū)的地方種分布在進化樹上家蠶分支的基部,表明家蠶起源于黃河中下游地區(qū)。
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